Ấn phẩm:
Modeling amino acid substitutions for whole genomes
Đang tải...
Xem mô tả
3
Xem & Tải
1
Nhan đề khác
Tóm tắt
Modeling amino acid substitution process is a core task in bioinformatics. New advanced sequencing technologies have generated huge datasets including whole genomes from various species. Estimating amino acid substitution models from whole genome datasets provides us unprecedented opportunities to accurately investigate relationships among species. In this paper, we review state-ofthe-art computational methods to estimate amino acid substitution models from large datasets. We also describe a comprehensive pipeline to practically estimate amino acid models from whole genome datasets. Finally, we apply amino acid substitution models to build phylogenomic trees from bird and plant genome datasets. We compare our newly reconstructed phylogenomic trees and published ones and discuss new fidings.
Mô tả
Journal of Computer Science and Cybernetics, Vol.37, No.4
Tác giả
Le, Sy Vinh
Người hướng dẫn
Nơi xuất bản
Nhà xuất bản
Viện Công nghệ thông tin, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam
Năm xuất bản
2021-10
ISSN tạp chí
Nhan đề tập
Từ khóa chủ đề
Evolutionary analysis , Amino acid substitution models , Protein analysis , Genome analysis , Maximum likelihood estimation
URI
Tài liệu tham khảo
Thông tin bản quyền
Tệp tin
Le Sy Vinh.pdf
Dung lượng: 927.41 KBĐịnh dạng: pdf
Lượt xem: 1 Lượt tải: 0