Ấn phẩm:
KHAI THÁC GEN MÃ HÓA ENDO-1,4-BETA-XYLANASE TỪ DỮ LIỆU DNA METAGENOME VI KHUẨN TRONG DẠ CỎ DÊ BẰNG MẪU DÒ
Đang tải...
Xem mô tả
37
Xem & Tải
20
Nhan đề khác
Tóm tắt
Xylan là hemicellulose chủ yếu ở trong rơm rạ và các loại gỗ cứng của thực vật hạt kín (chiếm 15-30%) và chỉ chiếm tỷ lệ nhỏ trong gỗ mềm của thực vật hạt trần (chiếm 7-12%). Trình tự mẫu dò (probe) đại diện cho enzyme xylanase được xây dựng từ các trình tự đã được công bố mang hoạt tính phân hủy xylan từ các nghiên cứu thực nghiệm. Cụ thể, có một trình tự thuộc họ GH5, 6 trình tự thuộc họ GH8 và 5 trình tự thuộc họ GH30 đã được thu thập, từ đó xây dựng nên các mẫu dò đặc hiệu cho endo-xylanase họ GH8 và GH30. Mẫu dò được xây dựng từ các trình tự thuộc họ GH8 và GH30 có độ dài tương ứng là 351 và 425 amino acid. Giá trị tham chiếu cho mẫu dò của họ GH8 được xác định là các trình tự có điểm tối đa lớn hơn 168, độ bao phủ thấp nhất là 84%, độ tương đồng thấp nhất là 36%; giá trị tương ứng với mẫu dò của họ GH30 là điểm tối đa lớn hơn 316, độ bao phủ lớn hơn 98%, độ tương đồng lớn hơn 41%. Sử dụng các mẫu dò bảo thủ cho các họ GH có hoạt tính endo-1,4-beta-xylanase đã được xây dựng cùng với mẫu dò của hai họ GH10 và GH11 đã được công bố, chúng tôi đã khai thác được 41 trình tự mã hóa xylanase từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome của vi sinh vật trong dạ cỏ dê bản địa Việt Nam. Trong số 41 trình tự khai thác được, 19 trình tự trùng với kết quả chú giải của công ty BGI dựa trên dữ liệu KEGG, ngược lại có 16 trình tự không được chú giải dựa trên dữ liệu KEGG.28 trong số 41 trình tự khai thác được là khung đọc mở hoàn chỉnh, có cấu trúc bậc ba ước đoán tương đồng cao với các cấu trúc của xylanase đã được công bố.
Mô tả
Tạp chí Công nghệ Sinh học. Tập 19, Số 3
Tác giả
Đào, Trọng Khoa
Đỗ, Thị Huyền
Trương, Nam Hải
Người hướng dẫn
Nơi xuất bản
Nhà xuất bản
Viện Hàn Lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam
Năm xuất bản
2021-07
ISSN tạp chí
Nhan đề tập
Từ khóa chủ đề
Vi khuẩn dạ cỏ dê
URI
Tài liệu tham khảo
Thông tin bản quyền
Tệp tin
DaoTrongKhoa_DoThiHuyen_TruongNamHai.pdf
Nội dung
Dung lượng: 543.14 KBĐịnh dạng: pdf
Lượt xem: 7 Lượt tải: 13